VGP: el proyecto que aspira a secuenciar el genoma de todos los vertebrados
29 abril, 2021
Nos encontramos en camino a la sexta gran extinción masiva de especies en nuestro planeta. Esto no había pasado desde la desaparición de los dinosaurios hace 65 millones de años. El riesgo de perder una enorme lista de especies está presente y antes que desaparezcan el Proyecto de Genomas Vertebrados (VGP, por sus siglas en inglés) se ha propuesto obtener la secuencia genómica de más de 70 mil especies de vertebrados vivos. Durante 5 años se ha dedicado a buscar métodos que permitan obtener la información genética con el menor número de errores. Recientemente sus avances fueron publicados por la revista científica Nature.
Una biblioteca sobre la vida
EL VGP es un proyecto del Consorcio G10K. En el último lustro se ha dedicado a desarrollar y evaluar métodos efectivos y de costo razonable para obtener información genómica de alta calidad. Entre los retos a los que se ha enfrentado están el reconocimiento de muchos genes falsos duplicados, aumentos en el tamaño de los genes, reordenamientos cromosómicos específicos de los linajes, un punto de ruptura cromosómico independiente repetido en los genomas de los murciélagos, y un patrón canónico rico en CG en genes codificadores de proteínas y sus regiones reguladoras.
El proyecto se planea para realizarse en 4 fases. Cada una responde a un nivel jerárquico en cuanto a la diversidad de especies. La primera fase se encarga de los órdenes, la segunda de las familias, la tercera de los géneros y en la última fase se aspira a secuenciar a todas las especies de vertebrados.
Durante todo el proceso se planea desarrollar tecnología que permita hacer un reconocimiento cada vez más específico de la información genética. Parte del proyecto incluye el desarrollo de algoritmos que permitan comprender mejor ensamblajes genómicos, alineaciones, así como hacer anotaciones y genómica comparativa. Entre los objetivos de este proceso en diferentes fases está conseguir financiamiento para mantener en pie el proyecto y obtener los resultados deseados.
Cada fase cuenta con sus propios criterios de selección de especies. Entre los primeros que se han tomado son los borradores de información genética que ya existen y requieren mejoras para obtener datos más confiables. Las especies en peligro de extinción son parte de las prioridades del proyecto. También las especies de alta importancia para la investigación médica forman parte de esta lista.
En el número más reciente de Nature se reportan los avances de este proyecto. Los genoma de las primeras 16 especies aparecen en esta edición. Entre ellas hay representantes de diferentes clases de vertebrados: mamíferos, aves, reptiles, anfibios y peces. El primero en ser analizado fue el Colibrí de Ana, una especie norteamericana que habita la costa oeste entre México y Canadá. Posteriormente se aplicó el mismo proceso a las otras 15 especies.
Los hallazgos publicados por ahora son variados. Entre ellos se encuentra la información genómica pero también propuestas sobre neurotransmisores, evolución de cromosomas sexuales en ornitorrincos y equidnas, así como diversas relaciones entre los cromosomas maternos y paternos en los titíes comunes. Este es apenas un avance de lo que se propone este proyecto planeado a una década.
En diez años se espera tener el total de la información genómica de todos los vertebrados. Es un gran reto pero de no hacerse inmediatamente es muy probable que el número de especies disminuya y se pierda información genética valiosa. Con ella será posible comprender mejor el proceso evolutivo de los vertebrados que todavía hoy habitan nuestro planeta.